Cuando llega una crisis, se contribuye con lo que se tiene a la mano. En respuesta a la pandemia de coronavirus, NVIDIA está compartiendo sus herramientas con investigadores que pueden acelerar su carrera para comprender el COVID-19 y ayudar a formar una respuesta.
A partir de hoy, NVIDIA proporcionará una licencia gratuita de 90 días de Parabricks a cualquier investigador en el esfuerzo mundial para combatir el coronavirus. Basado en el conocido Genome Analysis Toolkit, Parabricks usa GPU para acelerar hasta 50 veces el análisis de datos de secuencia.
Adicionalmente, para los investigadores que trabajan con datos de lectura larga de Oxford Nanopore, un repositorio de herramientas acelerado por GPU, está disponible en GitHub. Además, las siguientes aplicaciones ya tienen incorporada la aceleración de GPU NVIDIA: Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
Los investigadores están secuenciando tanto el coronavirus como los genomas de las personas afectadas con COVID-19 para comprender, entre otras cosas, la propagación de la enfermedad y quién es el más afectado. Sin embargo, analizar secuencias genómicas requiere tiempo y capacidad de cómputo.
Acelerar la ciencia ha sido, durante mucho tiempo, parte de la misión central de NVIDIA. El equipo de Parabricks se unió a NVIDIA para proporcionar la última herramienta para realizar este trabajo. Hoy son capaces de reducir el tiempo para trabajar la variante de posibilidades en un genoma humano completo, de días a menos de una hora, en un solo servidor.
Dada la propagación sin precedentes de la pandemia, obtener resultados en horas versus en días podría tener un impacto extraordinario en la comprensión de la evolución del virus y el desarrollo de vacunas.
NVIDIA está invitando a su familia de socios a unirse a ella para hacer coincidir este esfuerzo urgente para ayudar a la comunidad de investigación y ya se encuentra en conversaciones con proveedores de servicios en la nube y centros de supercomputación para proporcionar recursos informáticos y acceso a Parabricks desde sus plataformas.
Con información de Notimex